หน่วยงานภายใน

 ด้านมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์

 ด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพ

คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
 คณะพยาบาลศาสตร์
 คณะศึกษาศาสตร์
 คณะเภสัชศาสตร์
 คณะการบัญชีและการจัดการ
 คณะสาธารณสุขศาสตร์
 คณะศิลปกรรมศาสตร์
 คณะแพทยศาสตร์
 คณะการท่องเที่ยวและการโรงแรม
 คณะสัตวแพทยศาสตร์
 วิทยาลัยการเมืองการปกครอง
 วิทยาลัยดุริยางคศิลป์
 คณะวัฒนธรรมศาสตร์
 คณะนิติศาสตร์

ด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี

 คณะวิทยาศาสตร์
 คณะเทคโนโลยี
 คณะวิศวกรรมศาสตร์
 คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์-ผังเมือง-นฤมิตศิลป์
 คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์
 คณะวิทยาการสารสนเทศ
 สถาบันวิจัยวลัยรุกขเวช
 

หน่วยงานที่จัดการเรียนการสอน (ขั้นพื้นฐาน)

 โรงเรียนประถมสาธิตมหาวิทยาลัยมหาสารคาม
 โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยมหาสารคาม

หน่วยงานที่สนับสนุนการเรียนการสอน (สำนักงานธิการบดี)

 สำนักงานอธิการบดี
 กองส่งเสริมการวิจัยและบริการวิชาการ
 กองกลาง
 ศูนย์นวัตกรรมไหม
 งานสารบรรณ
 ศูนย์ความร่วมมือกับภาคอุตสาหกรรม (UIC)
 งานการประชุม
 หน่วยจัดการทรัพย์สินทางปัญญา มมส
 งานประสานงาน มมส
 ศูนย์ถ่ายทอดเทคโนโลยีเกษตรกรรมเฉลิมพระเกียรติฯ
 กองแผนงาน
 พิพิธภัณฑ์มหาวิทยาลัยมหาสารคาม
 กองการเจ้าหน้าที่
 ศูนย์ถ่ายทอดเทคโนโลยีเกษตรกรรมเฉลิมพระเกียรติฯ
 กองกิจการนิสิต
 โครงการอนุรักษ์เอกสารใบลานในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
 งานประสานงาน มมส
 กองทุนกู้ยืมเพื่อการศึกษา
 กองอาคารสถานที่
 หน่วยจัดการทรัพย์สินทางปัญญา มมส
 กองคลังและพัสดุ
 งานสวัสดิการอาคารชุดพักอาศัยบุคลากรและนิสิต
 กองบริการการศึกษา
 ​กองประชาสัมพันธ์และกิจการต่างประเทศ
 กองทะเบียนและประมวลผล
 กลุ่มงานประชาสัมพันธ์และมวลชนสัมพันธ์

 หน่วยงานสนับสนุนการเรียนการสอน (เทียบเท่าคณะ)

 ​กลุ่มงานกิจการต่างประเทศ
 บัณฑิตวิทยาลัย
 สำนักคอมพิวเตอร์
 สำนักตรวจสอบภายใน
 สำนักวิทยบริการ
 ศูนย์พัฒนาและประกันคุณภาพการศึกษา
 สำนักศึกษาทั่วไป
 กลุ่มงานสถานีวิทยุและโทรทัศน์
 สถาบันวิจัยศิลปะและวัฒนธรรมอีสาน
 ศูนย์วิจัยและการศึกษาบรรพชีวินวิทยา
 สำนักบริการวิชาการ

หน่วยงานภายนอก